Etil merkaptan kot hlapna organska spojina zahteva strogo upoštevanje posebnih pogojev in predpisov med skladiščenjem. Prvič, okolje za shranjevanje mora biti hladno, suho in dobro-prezračevano, pri čemer je najbolje, da se temperatura vzdržuje pod 0 stopinj, da se zmanjša tveganje za hlapnost in oksidacijo. Hkrati je treba etilmerkaptan zaradi njegove fotosenzitivnosti hraniti v temnem prostoru. Steklenice, posode iz nerjavečega jekla in pločevinke iz aluminija so idealne posode, saj učinkovito podaljšajo rok uporabnosti etilmerkaptana in ohranijo njegovo kemično stabilnost. Poleg tega je treba paziti, da se izognete mešanju etilmerkaptana z drugimi kemikalijami in da ga hranite stran od virov ognja, da zagotovite varnost. Osebje, ki ravna z etilmerkaptanom, mora nositi ustrezno zaščitno opremo, kot so rokavice, očala in zaščitna oblačila, da preprečijo draženje in poškodbe kože in oči.